面对着现实的种种矛盾,约翰·康纳心里明白,他若按照历史的正常轨迹发展,注定会成为救世军的领袖,而这场战争也最终会取得胜利。但面对旷日持久的战争,看不到结束的希望,约翰·康纳的内心也在渐渐动摇:究竟历史轨迹会否按照如初那样发展呢?在这被改变了无数次的历史当中,有没有可能已经因为某些差错而使得历史的轨迹已经朝着另外一个方向发展,只是自己根本察觉不到?
怀着种种对未来的疑虑,约翰·康纳继续战斗着。天网研制出了更多数量和不同种类的机器人,救世军面临的考验更加严峻。这时候,一个名叫马库斯·怀特(萨姆·沃辛顿饰)的人走进了救世军当中,他不记得自己是谁,也没有人知道他来自哪里,目的是什么,而马库斯唯一的记忆就是自己曾经是一名死囚。在马库斯身上,约翰·康纳发现了一些讯息,这些讯息与过去、现在、未来都有关系,进一步,约翰·康纳发现,马库斯此人将是左右这场战争的关键,通过马库斯,约翰·康纳潜入了天网的核心地带,在那里,他发现了一个可怕的秘密,这个秘密可能会导致整个人类彻底毁灭……