AKB0048全集的故事发生在艺能活动被禁止的近代宇宙时代，尽管环境十分危险，但还是诞生了继承传说中的偶像AKB48的名号与意志的超银河偶像团体AKB0048。然而她们却因过大的影响力而被政府冠上恐怖份子的恶名，更在演出时遭受到各种各样的干扰。为了捍卫自己的舞台、歌迷以及市民，AKB0048的第77期研究生决定拿起武器，奋起对抗！对于本作的9名主要角色，她们的声优是经过从现任AKB48、SKE48、NMB48以及其他团体中的200名女生当中严选出来的。