400年前、17世纪的朝鲜。在那个烽火连绵，硝烟四起的杀戮年代，人人无法掌握自己的命运。两个情同手足的男人反目成仇，一人成了刺客，一人成了武官，上演了一段惊心动魄、荡气回肠的故事……
　　光海末年，民间叛乱不断，朝鲜历史上最大的一次叛乱--仁祖反正也在此时爆发，许多朝中大臣接连遭到刺杀，为保护朝中要人，朝廷特别设立了一个名为"清风明月"的武馆。该武馆以最高标准训练武术高手，尤其精于剑术，可以说是独步天下。
　　清风明月武馆训练的第一批剑术高手中，最厉害的人有两个：奎叶和志焕。二人在练剑过程中结交，彼此赏识，进而成为好友，并誓死保卫珍贵的友情。志焕还给奎叶留下了一条亲手做的木鱼作为纪念。
　　可是，随着朝廷内部分裂，奎叶在形势所迫之下归附于叛乱一方，伙同僧人金仁密谋杀武术高手。很快，奎叶受命杀死自己的师父金印和好友志焕。没想到奎叶果真拔剑刺向志焕，并把他推落山崖。
　　五年后，叛乱者取得胜利，一手掌控了新立王朝，参加叛乱的人无一不获得高官重禄，奎叶也成为朝中名声大震的武官，彻底变得残酷冷血。
　　此时，江湖上忽然出现了一名可怕的刺客，专门刺杀五年前参加叛乱的"功臣"。奎叶奉命追杀神秘杀手，却发现他神出鬼没，剑术相当高明，远超奎叶以前遇到的所有敌手。
　　直到有一天，又一名大臣被刺杀，奎叶赶到现场，发现尸体旁有一柄刻着"清风明月"四字的剑，原来这名"凶犯"就是他当年含泪杀害的好友志焕，他虽遇刺一剑又被推下悬崖，但却九死一生，杀回血泪人间……