对于每一个基督教徒而言，神父是上帝与子民沟通的桥梁，亦是值得尊敬和崇拜的对象，但当你发现这个神父并没有那么神圣和光鲜，甚至充满着龌龊与罪恶的时候，你将做何选择？……二十世纪六十年代的美国，在纽约市的布朗克斯区有一所相当出名的天主学校，里面的学生都是由信教已久的天主教徒家庭的子女而来，在学校内，这些未经世事的小孩们受到了神父和修女的眷爱，而这间天主学校的校长，名叫阿洛伊修斯的修女（梅丽尔·斯特里普饰）更是尽忠尽职的教育着这些孩子。 　　在一次不经意的巡房当中，阿洛伊修斯意外的发现了一个令她震惊和愤怒的事实：一名叫布伦丹（菲利普·塞默·霍夫曼饰）的神父，正在对一个小女孩进行了猥亵下流的动作。调阅布伦丹的档案，阿洛伊修斯发现这名神父早在数年前就已经有了前科，而私底下询问其他孩子的结果，阿洛伊修斯修女渐渐的发现了事情的严重性，因此她决定正式起诉布伦丹，并向教会禀报这件事，而且向公众公开了这起天主教的丑闻。 　　面对阿洛伊修斯修女的指控，狡猾的布伦丹完全否认，并且抨击阿洛伊修斯的做法是栽赃嫁祸。小孩子的话并没有被法庭采纳，而教会为了避免这起丑闻的负面影响，也决定低调处理此事，因此对布伦丹罪行的调查进行得困难重重。这时候，一名坚信布伦丹神父是清白的修女雅各（艾米·亚当斯饰）更公开地反对阿洛伊修斯修女的指控，认为她完全是在无中生有。最后，由于证据不足，法庭驳回了阿洛伊修斯的起诉，而教会则安排布伦丹调任另一个地区，事件渐渐的平息。虽然布伦丹逃脱了法律的严惩，但关于这起案件的争论却仍然在继续。老修女成功地保护了自己的学生；但平白无故的不信任以及由此产生的偏执、冷漠，却与神“爱与宽容”的教诲形成意味深长的悖论……