1668年残阳如火的一天傍晚，位于加勒比海牙买加的一家小旅馆里，海盗哈里之女摩根·亚当斯从皇家卫队乔特上尉的床上翻身下地时，随从的手下告诉她哈里船长已经在道格的反水中命悬一线。把父亲从大海里拖上海滩时，哈里已是危在旦夕。弥留之际，父亲让摩根割下自己的头皮，那是通往割喉岛寻找黄金珠宝航海图的其中一份。只要拿到叔父莫特凯和道格手中的另外两份，就可以起锚前往割喉岛。有父亲的头皮为证，尽管有司古利率众哗变作梗，摩根在舵手布莱克和悍将格拉斯布尔的支持下，还是就任了父亲留下的“启明星”号海盗船的新任船主。为了寻找一名能看懂航海图上拉丁文的人，摩根冒着被悬赏通缉的危险前往牙买加皇港，在皇家卫队的围追堵截下，将被乔特以偷窃的罪名当作奴隶拍卖的肖·威廉纳收在了自己的麾下。有了能看懂拉丁文的肖·威廉，摩根率众前往司比托菲尔德港找叔父莫特凯。　　在摩根意料之中的是，刚刚登上司比托菲尔德港，摩根一行就被道格的手下盯上。在叔父莫特凯的落脚之处，摩根与道格不期而遇。仇人相见，分外眼红。经过一场激烈的搏杀，虽然临脱身之际摩根被道格射出的子弹击中，但始终跟随摩根左右的一只叫“查尔斯王子”的猴子从摩根身上拿到那块航海图，而肖·威廉也在刀光剑影中拿到了叔父莫特凯手中的那块宝贝。 　　肖·威廉原以为自己的身手没让任何人看见，殊不知肖·威廉拿到航海图的那一刻并没有逃过摩根的眼睛。虽然肖·威廉也打起了割喉岛的主意，但在精明强悍的摩根面前，肖·威廉只好交出到手的航海图，让肖·威廉感到一丝慰籍的是，在给摩根治疗枪伤时，一种淡淡的情愫正在两个人的心中滋长。　　凑起了一张完整的航海图，摩根在肖·威廉标出正确的航线后，扬帆起锚直逼割喉岛，这一次除了摩根的手下外，以写海盗小说而著称的查理先生还带着皇家总督的秘密任务混上了“启明星”号海盗船。然而，摩根前脚起航，道格的“收获者”号即刻解缆离岸， 尾随“启明星”号而来。 　　在经过一片暗礁丛生的海域时，摩根不仅没有甩掉吃水较深的“收获者”号，而且还在司古利的再次哗变中，被此时已经联手的司古利和道格赶下了船。经过一夜狂风骤雨的洗礼，第二天天刚放亮的时候，大难不死的摩根和他的伙计们发现自己已经被海浪推到了割喉岛的面前。 　　登上割喉岛，摩根将身陷沼泽的肖·威廉救出来后，按图索骥地找到了藏于峭壁上一个山洞最深处的黄金珠宝。然而，当摩根折回山顶准备启运堆积如山的黄金珠宝时，才发现自己此时已经被勾结在一起的道格和皇家卫队所包围。经过一场海上近乎短兵相接的血腥拼杀，摩根在肖·威廉的帮助下，将道格一伙和皇家卫队葬身于火海和鱼腹后，带着失而复得的黄金珠宝，在一片欢呼声中，“晨星号”扬帆起航， 向马达加斯加的方向浩荡而去， 去迎接新的冒险。